Le système immunitaire est l'ensemble des réactions inflammatoires et de sécrétions sous forme d'anticorps dans le but de protéger le corps contre les agressions extérieures.  
Le microbiote intestinal est ce que nous appelions jusqu'à présent la Flore intestinale. Ce sont tous les micro-organismes présents sur ou dans notre corps et ayant une fonction initiale de protéger les différentes parties du corps des agressions extérieures. Nous parlons donc de microbiote buccal, intestinal, cutané, ...
L'allergie est une réaction inflammatoire contre un pollen, un poil de chat ou même un aliment, et la liste est longue. Elle se manifeste de diverses manières : toux, éternuement, maux de tête ou migraine, éruption cutanée tel Eczéma, ... 
L'alimentation joue un rôle très important, par le biais de l’équilibre du microbiote, dans le but de prévenir les réactions inflammatoires, pouvant rester à un stade bénin ou progressant en intensité croissante pour en devenir handicapante : le rhumatisme inflammatoire, la spondylarthrite ankylosante, la sclérose en plaque, la maladie de Crohn et bien d'autres maladies inflammatoires en sont des exemples de ces déséquilibres. Donc agir sur l’équilibre du microbiote intestinal par une alimentation saine est un exercice contre l’attisement de certaines maladies inflammatoires chroniques.